Die 137.200 Einwohner-Stadt (IGBE, Stand: 2008, rd. 150.000 geschätzt) Alagoinhas liegt 120 km nördlich von Salvador da Bahia. Sie bietet touristisch keine interessanten Einblicke. Für den Eisenbahnfreund ist ein Besuch jedoch sehr empfehlenswert. Der dortige Bahnhof ist zwar teilweise abgebrochen, mit etwas Glück bietet er aber eine tolle Kulisse für die eine oder andere FCA-Diesellok.

Der erste Bahnhof wurde am 13.2.1863 eröffnet. Dieses Gebäude wird heute als Supermarkt genutzt und befindet sich ca. 600 m vom Bahnhof São Francisco entfernt. 1878 wurde von der Estrada de Ferro Bahia ao São Francisco die Verlängerung der Eisenbahnstrecke von Alagoinhas nach Juazeiro beschlossen. Diese wurde 1880 fertiggestellt. Damit wurde aus dem ehemaligen Endpunkt der Eisenbahn eine Kommune mit einem Durchgangsbahnhof. Die Eröffnung des Bahnhofs fand am 18.11.1880 statt.

Dazu wurde ca. 600 m vor dem Bahnhofsgebäude ein Abzweig angelegt und die Strecke links am neuen Bahnhof vorbeigeführt. Er erhielt auf beiden Seiten des Gebäudes 200 m lange Bahnsteige. Nach rechts führte weiterhin die Strecke nach zum bisherigen Bahnhof. Der Bahnhof wurde als Keilbahnhof angelegt.

Die Bauweise des Bahnhofs ist einzigartig in Brasilien. Der Bau hat neoklassizistischen Einfluss. Er besteht aus zwei Flügeln, die über einen kuppelförmigen Mittelbau, der mit Zinkblech eingedeckt ist und auf metallenen Säulen steht, verbunden sind. An den Flügeln befinden sich Bahnsteigüberdachungen, die ebenfalls mit Zinkblech gedeckt sind. Die Materialien für den Bau wurden aus England geliefert, da die Bahngesellschaft sich zu diesem Zeitpunkt in englischem Besitz befand.

1908 wurde dann die Strecke nach Timbo und später weiter Richtung dem Bundesstaat Sergipe bis Aracaju gebaut. Roell schreibt 1912 über die Betriebssituation:

Die Bahia- und Sao-Francisco-Bahn mit einer Abzweigung nach Timho (206 km); der erste Teil der Bahn (124 km) hat 1,6 m-Spur, die Fortsetzung aber nur 1 m-Spur.
An die Bahia- und Sao-Francisco-Bahn schließt die Sao-Francisco-Bahn, von Alagoinhas nach Joazeiro (452 km von S. Francisco) an. Sie hat 1 m-Spur. An der Übergangsstation Alagoinhas muß alles Gut umgeladen werden.

1989 fuhr der letzte Personenzug durch den Bahnhof Alagoinhas. 1996 unterzeichnete die FCA einen Mietvertrag mit RFFSA für den Bahnhof. Im Jahr 2004 gab die FCA das Bahnhofsgebäude wieder an die RFFSA mit der Begründung zurück, dass die Station nicht genutzt wrede. Danach war das Gebäude ungenutzt und sein Zustand verschlechterte sich zusehends. Derzeit werden die Eisenbahnlinien nur für Güterverkehr genutzt.

Im Oktober 2006 brach ein Teil des Gebäudes zusammen und wurde nicht wieder errichtet. Das Gebäude ist heute (2009) in weiten Teilen stark verfallen. Die Kuppel des Mittelbaus ist zwar weitgehend erhalten, jedoch stark verrostet. In den Flügelbauten wurde der Schutt geräumt. An beiden Flügelenden sind noch die Dächer erhalten. Die Bahnsteigüberdachungen sind in diesem Bereich ebenfalls noch vorhanden.